Здравствуйте
Устанавливается именно тот тюнинг, на который Вы кликаете в LS Custom, каких-либо ошибок здесь быть не может.
Часть тюнинга считается с 0, т.е. ТС из салона имеет уровень 0, часть тюнинга с 1. Рокстар геймс сделали систему таким образом, изменить это невозможно.
Также один и тот же внутренний тюнинг в LS Customs (не путать с автомастерской в Палето-Бэй) нельзя приобрести 2 раза. Кликните на покупку того, что уже по Вашему мнению устанавливали - списание не произойдет. Если же списание произошло - Вы ошиблись при первичной установке.